À exemplo da NFL, a Electronic Arts detém a exclusividade da NCAA, a liga de futebol americano universitário, e a edição 2006 é a primeira a desfrutar do privilégio.Tradicionalmente, as séries "Madden" e "NCAA" trazem elementos mutuamente exclusivos e não será diferente desta vez. Como uma liga universitária, o novo "NCAA Football 06" oferece um modo de carreira totalmente reformulado.O modo "Dynasty" foi substituído pelo "Race for the Heisman", nome do prêmio máximo da categoria. O foco também mudou: agora, em vez do treinador, o usuário controla um jogador. Depois de escolhido o modo, um cenário é gerado automaticamente e o usuário assume um papel de um jogador de elite.Depois de aprender os truques da posição em que joga, começará a batalha pela carreira, primeiro para virar titular e, depois, para entrar numa faculdade de renome. Durante o progresso da carreira, diversos benefícios podem ser conquistados, inclusive novas namoradas. Depois de algumas capas na Sports Illustrated, uma importante publicação sobre esportes, o objetivo maior é levar o prêmio Heisman.
